Prepare Contents

NSArrayControllerに限った話なのかわからないけど、NibのNSArrayControllerオブジェクトに「Prepare Contents」というチェックボックスがあります。
これは、初期値を自動的に設定するかどうかと言うチェックボックスで、オンにすると自動に設定、オフにすると手動で設定する必要があります。

それで、手動で設定する方法。

NSArrayControllerのインスタンスメソッド「fetchWithRequest:merge:error」を呼び出してあげれば良いです。

- (void)windowControllerDidLoadNib:(NSWindowController *) windowController
{
    [super windowControllerDidLoadNib:windowController];

    NSError *error;
    BOOL ok = [arrayController fetchWithRequest:nil merge:NO error:&error];
    // ...

参照：http://developer.apple.com/documentation/Cocoa/Conceptual/CoreData/Articles/cdBindings.html#//apple_ref/doc/uid/TP40004194